تدير الجمعية العلمية الهيئات الآتية:
أ- مجلس الجمعية العلمية.
ب- اللجنة التنفيذية.
ج- أمانة الجمعية العلمية وبالتعاون مع الأمانة العامة للإتحاد.
مجلس الجمعية العلمية هو السلطة العليا للجمعية، ويشكل من عمداء الكليات والمعاهد الأعضاء أو من ينيبونهم عنهم في الحضور، ويكون لكل عضو عامل في الجمعية العلمية صوت واحد.
يمارس مجلس الجمعية العلمية الإختصاصات والإجراءات التالية:
أ- وضع السياسة العامة للجمعية.
ب- تحديد قيمة الإشتراك السنوي لأعضاء الجمعية العلمية.
ج- الموافقة على خطة نشاط الجمعية العلمية.
د- إقرار الموازنة السنوية للجمعية العلمية والمصادقة على الحساب الختامي السنوي.
ه- اختيار مدقق لحسابات الجمعية العلمية.
و- ضع القواعد المالية والإدارية اللازمة لحسن سير العمل في الجمعية العلمية.
ز- قبول التبرعات والهبات والمنح بما لا يتعارض مع أهداف الجمعية.
ح- إصدار الدوريات والنشرات والأدلة المتصلة بنشاط الجمعية العلمية.
ط - اعتماد التقرير السنوي عن نشاط الجمعية العلمية.
ي- تعديل النظام الأساس للجمعية بقرار يصدر بأغلبية ثلثي أعضاء الجمعية العلمية بشرط أن يكون اقتراح التعديل مدرجاً ضمن بنود جدول أعمال اجتماع مجلس الجمعية العلمية الذي يقر التعديل وبما لا يتعارض مع النظام الأساس الموحد للجمعيات العلمية.
ك- الموافقة على طلبات الإنضمام لعضوية الجمعية.
ل- تعليق العضوية بالأغلبية المطلقة وإلغائها وإعادتها بأغلبية ثلثي أعضاء الجمعية.
أ- يعقد مجلس الجمعية العمومية اجتماعاً عادياً مرة على الأقل كل عام في رحاب إحدى الكليات أو المعاهد أعضاء الجمعية وبحضور ممثل للأمانة العامة للإتحاد، ويكون عميد الكلية أو المعهد أو القسم رئيس هذا الإجتماع.
ب- ويكون الإجتماع العادي صحيحاً بحضور الأغلبية المطلقة لأعضاء الجمعية العلمية.
ويجوز لكل كلية أو معهد عضو في الجمعية العلمية أن تنيب عنها في الحضور والتصويت كلية أو معهداً آخر عضواً عاملاً في الجمعية العلمية، وتصدر القرارات في الإجتماعات العادية الصحيحة التي ليس من بين بنود جدول أعمالها تعديل النظام الأساس للجمعية العلمية بالأغلبية المطلقة للأعضاء الحاضرين.
يختار مجلس الجمعية العلمية من بين أعضائه لجنة تنفيذية لمدة دورتين عاديتين تضم بالإضافة إلى الأمين العام للجمعية عدداً مناسباً من الأعضاء يحدده مجلس الجمعية يضم الأمين العام السابق للجمعية (ولدورة واحدة) تختص بمتابعة تنفيذ قرارات المجلس بالتعاون مع الأمين العام للجمعية العلمية وبدراسة الموضوعات التي يحيلها إليها مجلس الجمعية والنظر في الأمور المستعجلة في الفترة الواقعة بين دورتي انعقاد مجلس الجمعية، ويرأس اجتماعها الأمين العام للجمعية.
تعقد اللجنة التنفيذية اجتماعاً مرة على الأقل كل ستة أشهر في رحاب إحدى الكليات أو المعاهد أعضاء اللجنة التنفيذية لمجلس الجمعية العلمية، برئاسة الأمين العام للجمعية العلمية.
إذا لم يتقدم أحد أعضاء الجمعية العلمية بطلب استضافة اجتماع مجلس الجمعية العلمية أو اجتماع اللجنة التنفيذية يعقد الإجتماع بالكلية التي فيها مقر الجمعية العلمية.
يكون عميد الكلية أو المعهد أو القسم المستضيف لمقر الجمعية العلمية أميناً عاماً للجمعية العلمية.
يختص أمين عام الجمعية بالمهام الآتية:
أ- الإتفاق مع رئيس الجامعة التي تستضيف مقر الجمعية العلمية على إعداد وتجهيز مقر الجمعية العلمية والإشراف على التنفيذ.
ب- الإتفاق مع رئيس الجامعة التي تستضيف مقر الجمعية العلمية على تزويد مقر الجمعية العلمية بالعدد اللازم من العاملين للعمل في الجمعية.
ج- الإشراف على إدارة مقر الجمعية العلمية.
د-الإشراف على تنفيذ خطة نشاط الجمعية العلمية بمعاونة العاملين معه في المقر، وبالتنسيق مع الأمانة العامة للإتحاد.
ه-إحاطة رئيس الجامعة التي تستضيف مقر الجمعية العلمية ونوابه وأمين الجامعة والأمين العام لإتحاد الجامعات العربية أولاً بأول بمدى تقدم سير العمل في تحقيق خطة نشاط الجمعية العلمية ومحاضر اجتماعاتها والمعوقات التي قد يواجهها في تسيير نشاطها.
و- توجيه الدعوة لإنعقاد اجتماعات مجلس الجمعية العلمية واجتماعات اللجنة التنفيذية لمجلس الجمعية العلمية مشفوعة بجدول الأعمال ومواعيد الإنعقاد بعد الإتفاق مع عميد الكلية أو المعهد عضو الجمعية العلمية التي يستضيف الإجتماع.
ز- رفع التقرير السنوي عن نشاط الجمعية العلمية إلى الأمين العام لإتحاد الجامعات العربية وإلى رئيس الجامعة التي تستضيف مقر الجمعية العلمية مشفوعاً بالموازنة السنوية والحساب الختامي للجمعية العلمية.
تعرض الأمانة العامة لإتحاد الجامعات العربية التقرير السنوي وموازنتها التقديرية ووضعها المالي على المجلس التنفيذي والمؤتمر العام للإتحاد.
